开放办学、国际合作是上海科技大学的一个基本办学理念，也是大学的特色所在。学校致力于与国际知名大学建立友好务实的合作关系，在外语教育、课程设置、多元文化教育、师生交流、联合培养、科研合作、创新创业等方面进行试验和改革，以培养高素质的国际化人才。

目前，上海科技大学已经与加州大学伯克利分校(University of California Berkeley)和芝加哥大学(University of Chicago)和签订了校际合作备忘录，并与麻省理工学院(MIT)签订了学生培养合作协议，在课程开发、教师进修和学生交流等方面开展合作。

同时，上海科技大学十分注重于跨国企业建立交流合作。学校与全球领先的生物医药企业—美国安进生物技术公司(Amgen)签订了战略合作备忘录，双方协定在上海科技大学校园内设立安进中国生物医药研发中心。